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?TGIRT™-III Enzyme

TGIRT™-III酶

*規(guī)格:

•  10 Reactions (TGIRT10)
•  50 Reactions (TGIRT50)
•  5 x 50 µl (TGIRT5x50)
•  10 x 50 µl (TGIRT10x50)

單位定義：

• TGIRT的一個單元^® -III逆轉(zhuǎn)錄酶（RT）活性是酶的使用聚在60℃下聚合1納摩爾的dNTP的在1分鐘（RA）所需要的量/寡（dT）₄₂作為底物。

酶濃度：

• 200單位/μl

酶儲存緩沖液：

• 20mM Tris-HCl（pH7.5），500mM KCl，1mM EDTA，1mM DTT，50％甘油

酶性質(zhì)和新型活性：

• 比逆轉(zhuǎn)錄病毒逆轉(zhuǎn)錄酶更高的熱穩(wěn)定性，持續(xù)性和保真度，允許從高度結(jié)構(gòu)化或嚴(yán)格修飾的RNA進(jìn)行全長的端到端cDNA合成。¹

• 新的端對端模板切換活動，其能夠在逆轉(zhuǎn)錄過程中連接RNA-seq或PCR適配器，并且不再需要單獨的RNA 3' - 銜接子連接步驟。¹這種模板切換活動大大促進(jìn)了鏈特異性RNA-seq文庫的構(gòu)建，其偏倚偏差小于使用隨機(jī)六聚體引物的方法，或者使用RNA連接酶進(jìn)行銜接連接。^1,4,7,8

• 退火引物有效的cDNA合成 將退火的引物應(yīng)具有推測的T _米 > 60 ^ö下用在反應(yīng)混合物中基板在室溫下，通過加入dNTP的反應(yīng)開始30分鐘酶的建議預(yù)孵育。新應(yīng)用的*條件應(yīng)通過測試25至450 mM NaCl的鹽濃度范圍來確定。

酶的建議用途：

1. 綜合股特異性轉(zhuǎn)錄組分析。⁸
2. 全細(xì)胞，外來體，血漿和其他無細(xì)胞RNA的RNA-seq。^7,8
3. miRNA和其他小型非編碼RNA的分析。^1,11,14
4. 通過高通量測序鑒定RNA堿基修飾。^4,5,12,13
5. RIP-seq，HITS-CLIP，CRAC，??核糖體分析。^1,9
6. 使用諸如SHAPE和DMS修飾之類的方法進(jìn)行RNA結(jié)構(gòu)映射。^1,15
7. 長cDNA的合成 ¹
8. RT-qPCR的。¹
9. 用于表征RNA-蛋白質(zhì)相互作用的irCLIP。⁹
10. DMS-MaPseq用于全基因組或靶向RNA結(jié)構(gòu)體內(nèi)探測。¹⁵
11. FFPE腫瘤樣本分析（咨詢InGex）
12. 通過TGIRT®模板切換的單鏈DNA-seq（參見InGex）

酶的優(yōu)點：

1. 綜合轉(zhuǎn)錄組分析比傳統(tǒng)方法更少的偏差。

   根據(jù)zui近的出版物，核糖核酸裂解的片段化通用人參考RNA樣品的TGIRT-seq 概括了與非鏈特異性TruSeq v2相比較的人轉(zhuǎn)錄本和尖峰的相對豐度，優(yōu)于鏈特異性Tru-Seq v3。TGIRT®-seq比TruSeq v3顯著更強的鏈特異性，并消除TruSeq固有的隨機(jī)六聚體啟動的取樣偏差。TGIRT®-seq顯示更均勻的5'至3'基因覆蓋，并識別比TruSeq更多的剪接點。TGIRT®-seq可以在與結(jié)構(gòu)化小ncRNA（包括tRNA）相同的RNA序列中同時進(jìn)行mRNA和mRNA的分析，這些tRNA基本上不存在于TruSeq數(shù)據(jù)集中。⁸

2. 全細(xì)胞，外來體，血漿和其他細(xì)胞外RNA的RNA-seq。

   快速處理時間（通過PCR步驟對RNA-seq文庫構(gòu)建<5小時）; 需要少量RNA（低ng范圍）; 全面的轉(zhuǎn)錄譜，包括mRNA和lncRNA以及小ncRNA，包括tRNAs，pre-miRNAs和其他結(jié)構(gòu)化小ncRNA的全長讀數(shù); 較常規(guī)方法較少的偏差和較大的鏈特異性。^7,8

3. 比逆轉(zhuǎn)錄病毒RT更高的持續(xù)性和鏈置換活性。

   • 使用錨定寡核苷酸（dT）引物構(gòu)建多聚腺苷酸化RNA的RNA-seq文庫，具有比沒有核糖核酸步驟的逆轉(zhuǎn)錄病毒RT更均勻的5'至3'覆蓋率。¹
   • 通過基于毛細(xì)管電泳的方法，如SHAPE或DMS結(jié)構(gòu)圖，通過顯著的長度讀取長度和比逆轉(zhuǎn)錄病毒RT更少的過早停止來實現(xiàn)RNA結(jié)構(gòu)測繪。¹
   • 使得可以獲得tRNA和其他小的ncRNA的全長的端到端cDNA，這些cDNA對于逆轉(zhuǎn)錄病毒RT是難治的。^4-7
4. 通過TGIRT®模板切換的RNA-seq文庫構(gòu)建，如miRNA分析，RIP-seq，HITS-CLIP，CRAC，??核糖體分析等方法。

   快速處理時間（通過PCR步驟對RNA-seq文庫構(gòu)建<5小時）; 需要少量RNA（低ng范圍）; 不需要RNA連接酶，通過在該過程中具有較少的步驟，偏倚較小并且更有效。

參考文獻(xiàn)：

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